Fundado por Real Decreto de Isabel II en 1867, el museo se encuentra instalado en el Palacio de Bibliotecas y Museos, de estilo Neoclásico realizado en el siglo XIX por el arquitecto Francisco Jareño.
El museo expone magnificas piezas de sus destacadas colecciones de Prehistoria , Egipto, Grecia, Hispania Romana y Visigótica, Edad Media, así como piezas de Artes Decorativas de los siglos XV al XVIII.
En su jardín, se puede visitar una reproducción de las pinturas de la Cueva de Altamira.